In dem 1994 gegründeten IPP-Teilinstitut Greifswald entsteht zurzeit die Fusionsanlage Wendelstein 7-X. Die neuen Institutsgebäude wurden im Juli 2000 eröffnet. Mit heute rund 450 Mitarbeitern ist der personelle Aufbau abgeschlossen.
Das IPP-Teilinstitut Greifswald besitzt gegenwärtig die Bereiche "Wendelstein 7-X ", Stellarator-Szenario-Entwicklung, Stellarator-Optimierung, Rand- und Divertorphysik sowie Stellarator-Theorie .
Eine Kooperationsvereinbarung auf dem Gebiet der fusionsorientierten Plasmaphysik verbindet das IPP mit dem Institut für Physik der Ernst-Moritz-Arndt-Universität in Greifswald: Zwei Wissenschaftliche Direktoren des IPP sind zugleich als Professoren an die Universität berufen.